Zeki ve tedbirli olmasına rağmen III. Selim Han'ın başlatmış olduğu imar ve ıslahatlara karşı olan devlet adamlarının tesirinde kalmıştı. Nitekim onu tahta çıkaran zorbaların hakkından gelememişti. Keselerini doldurmak ve herbiri bir mansıp (makam) kapmak isteyen zorbalar devlet hazinesini yağmalamışlardı.

IV. Mustafa Han 14-15 Kasım gecesi meydana gelen Alemdar Mustafa Paşa vakası sırasında yeniçerilerin saraya saldırması ve kendisini tekrar başa geçirmeye teşebbüs etmeleri olayı ile ilgili görüldüğünden şeyhülislâm'ın verdiği fetva gereğince idam edilerek öldürülmüştür.