Sonsuza dek yumuşak huylu dilbilim uzmanı David Webb ile ölümcül süper ajan kişilikleri arasına hapsolmuş olan Jason Bourne için hayat asla sıradan olamıyordu. Eski akıl hocası Profesör Specter, onu Georgetown Üniversitesi Karşılaştırmalı Diller Bölümü'nün başkanı olarak işe aldığında, sonunda hayatı normal seyrine kavuşur gibi olmuştu.

O ana kadar bilinmeyen bir terör örgütünün, bir hafta içinde Birleşik Devletler'in doğu sahillerine büyük bir saldırı düzenleyeceği bilgisi Merkezi İstihbarat ağına ulaşmıştı. Bu bilgiyi destekleyecek yeterli somut istihbarat olmadan ve Merkezi İstihbarat'ın yeni direktörü Veronica Hart'ı sabote etmeye istekli rakip istihbarat kurumlarının tehdidi altında, bu karanlık terör örgütünü alaşağı etmek için asi ajan Jason Bourne'u göreve çağırmaktan başka şansları yoktu.

Bourne kendini bir anda ikili hayatının en ölümcül ve karmaşık operasyonunun içinde bulmuştu. Kökleri İkinci Dünya Savaşı'nın en karanlık günlerine dayanan ölümcül terör örgütü Siyah Lejyon'un liderinin peşine düşmüştü. Ancak kendi yanında olması gerekenler onu aşağı çekmeye uğraşırken, kendisi kadar zeki ve ruhen yaralı bir kiralık katil her geçen dakika ona daha da yaklaşmaktaydı.