İmam Cafer-i Sadık'a göre Müslüman toplulukların büyük sorunlarının başında gelen cehalettir. Bu nedenle toplumu aydınlatmak ve eğitmek için "medreseler" açtı Buraya dil din ve ırk farkı gözetmeksizin dünyanın her yerinden talebeler aldı. Her dönemde öğrencilerin sayısı 4.000'e ulaştı. Medresede öğrenciler din bilimleri yani fıkıh tefsir hadis-i şerif tecvid ve Kur'an-ı Kerim dersleri alıyorlardı. Ayrıca astroloji kimya cebir ve tıp bilimleri dersleri de veriliyordu. Zaten İmam-ı Cafer-i Sadık'ın Avrupa'da tanınmasına ve şöhret kazanmasına sebep olan bu fen bilimleridir.

İmam Cafer-i Sadık hiçbir zaman yöneticilik koltuğuna oturmayı düşünmedi. Bu yönde gelen tekliflere de asla itibar etmedi.