En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

İşte Elric kardeşlerin simyayla tanışmalarının başlangıcı Edward ve Alphonse Elric'in simyacı olmak için her şeyi yapmaya hazır oldukları zamanlar. Kardeşler yeni yeni elde ettikleri yeteneklerini kullanarak ölmüş annelerini hayata döndürmeye çalıştıkları anda bir tabuyu yıkarak ölümün kendisinden bile daha korkunç bir şeyle karşı karşıya kaldılar. Yıllarca aldıkları askeri eğitimle iyice güçlenen Elric kardeşler şimdi onlara simyayı öğreten hocalarının yanına geri döndüler. Bakalım hocaları yaptıkları bu korkunç şeyi affedip onlara yardım edecek mi?