En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Bedeni yok olup ruhu dönüşüme uğrayıncaya kadar geçen o birkaç dakika içinde Alphonse Elric nereye gitmişti? Dublith'deki gizli inlerinden çıkan bir grup serseri onun ruhunun nasıl dönüştürüldüğünü bu dönüşümün altındaki gizli simyayı öğrenmek için Alphonse'u kaçırır. Ve Şeytan'ın İni'ne gidip kardeşini kurtarmak yine Ed'e düşer. Ne var ki Şeytan'ın İni'ndeki serseriler tam anlamıyla insan değillerdir. Şimdi Al ve Ed bir homunculus yani insan yapımı bir insan ile dövüşmek zorundadır. Dublith sokakları kana bulanacaktır...