En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

General King Bradley komutasındaki ordu birlikleri tarafından bir Homunculus olan Greed'in ve adamlarının bulunduğu Şeytan'ın İni'ne yapılan baskın tam bir katliamla sonuçlanır. Bu savaşın sonunda Ed ve Al'ın kafasında bazı soru işaretleri belirmeye başlar. Greed yaratıcısının yanına götürülürken iki yabancı ortaya çıkar; doğu ülkesi Şin'deki büyük çölü aşarak Amestris'e ulaşmışlardır. Onlar Felsefe Taşı' nın ve Elric kardeşlerin bile aklına gelmeyecek bir sırrın peşindedirler...