İnsanlık yıldızlara ulaştı ve uzaylıların oluşturduğu geniş galaktik topluluk içerisindeki yerini çoktan aldı. Ancak keşfedilen uzayın sınırının ötesinde, galaksinin organik ırkları kendi karanlık emelleri için "harmanlamak" üzere pusuda bekleyen, akıllı yıldız gemilerinden oluşan bir ırk var: Reaperlar

Gizli operasyonlar yürüten ve insan yanlısı bir örgüt olan Cerberus'un lideri Asılsız Adam, insanlığın kurtuluşu sağlamak için düşmanın güçlü ve zayıf noktalarını öğrenmek üzere, bedenine Reaper teknolojisi yerleştiren birini incelemeyi planlar. Oldukça tehlikeli ve korkunç deneyleri için uygun adayı da bulmuştur: Yükseliş Projesi'nin direktörü Kahlee Sanders'ın yardımıyla kızını örgütün elinden kurtaran eski Carberus ajanı Paul Grayson.

Grayson'ın ortadan kaybolduğunu öğrenince, güvenebileceği tek kişiden yardım ister Kahlee: İttifak savaş kahramanı Albay David Anderson. Birlikte, Grayson'ın esir tutulduğu gizli Cerberus tesisini bulmak için yola çıkarlar. Ne var ki Grayson'ın peşinde başkaları da vardır ve zaman da hızlı tükenmektedir.