Tanınmış bir okul olan yatılı özel Cross Akademisi'nde gündüz ve gece dersleri bir arada bulunuyor. Gündüz derslerine sıradan öğrenciler devam ederken elit bir grup olan gececi öğrencilerin hepsi birer vampir! Gündüzcüler için vampirlerin varlığı da gece derslerinin gerçek yüzü de kesinlikle bir sır. Bu büyük sırrı iki kişi korumakla görevli Yuki ve Zero; onlar Akademinin Koruyucuları! Gece sınıfının sınıf temsilcisi safkan vampir olan Kaname ise bu önemli görevde Yuki ve Zero'nun en büyük destekçisi.
Ortadan kaybolan Kaname aniden Akademi'ye döner ve Zero'nun bir vampire dönüşmesine kendisinin neden olduğunu söyler. Diğer yandan, Sara intikamını alması için Zero'ya yardım etmeyi teklif etmiş ve bu yardım karşılığında Avcılar Birliği'nin kendisini koruma altına almasını istemiştir. İşler karışır ve Sara'nın kanına sahip olan Zero, Kaname'yle karşı karşıya gelir!