Ernst A. Egli 1926 yılında Türkiye'ye mimarlık eğitimi programının yeniden düzenlenmesi ve eğitim-öğretim yani okul yapılarının çağdaş ilke ve yöntemlerle tasarlanması amacıyla ülkeye çağrıldığında kuruluş dönemindeki Türkiye Cumhuriyeti'nin üç temel geliştirme politikasının ortasında bulmuştu kendisini: Savaş yıllarının zorunlu politikaları yerini güçlü bir ülke nüfusu oluşturmak ve ilintili olarak çağdaş bir ulus-devlet kurmak düşünceleriyle pekişmiş biçimde yeni yönelimlere girdiğinde sırasıyla sağlık hukuk ve eğitim reformlarını yapmak zorunlu olmuştur. Bu hemen hemen eşzamanlı öncelik adımlarının üçüncü halkasını eğitim reformu oluşturuyordu ki sürdürülebilir sağlıklı çağdaş üretim gücü yüksek bir toplumun inşası olanaklı olsun. Avrupa'nın gergin siyasal ikliminden kaçarak Türkiye'ye 'sürgün' gelen Almanca konuşan mimarlardan farklı olarak Egli Clemens Holzmeister'in önerisiyle Viyana'dan ülkeye davet alarak gelmişti.
Maarif Vekâleti'nde Cumhuriyetin modern bireylerinin yetişeceği okulların tasarımından sorumlu baş mimar olarak görevlendirilmiş Güzel Sanatlar Akademisi'nde "programlarını tanzim ve ıslah eylemek ve konferanslar vermek ve tedrisatta bulunmak" görevlerini üstlenmiştir. Egli'nin Akademi'de hayata geçirdiği giriş sınavıyla öğrenci kabulü eğitim süresinin beş yıla çıkarılması ve ders programındaki yenilikler Türkiye'de mimarlık eğitimine yön vermiştir. Sivil mimarlık mirasını kayıt altına alma ve bilinir kılma amacı taşıyan Milli Mimari Semineri Egli'nin yürütücülüğünde asistanı Sedad Hakkı Eldem'in yardımıyla 1930'ların başlarında Akademi'de başlatılmış ve özgün bir birikim elde edilmiştir.
Türkiye'de bulunduğu 14 yıllık süre içinde Egli İsmet Paşa Kız Enstitüsü Musiki Muallim Mektebi AOÇ Kentsel Tasarımı ile Bira Fabrikası Memur ve İşçi Lojmanları ve Hamamı Ragıp Devres Villası Fuat Bulca Evi Etimesgut Örnek Köyü Yüksek Ziraat Enstitüsü Mülkiye Mektebi İstanbul Üniversitesi Biyoloji Enstitüsü Türk Hava Kurumu İdare Binası ve Uçuş Okulu Irak ve İsviçre Büyükelçilikleri gibi Cumhuriyet dönemi modern mimarlığının önemli yapılarına aralarında Niğde Edirne Balıkesir Samsun ve Denizli'nin ilçelerinin bulunduğu kent ve kasabaların imar planlarına imza atmıştır. 1938'de Atatürk'ün ölümüyle üzerindeki koruyucu eli kaybetmiş ve değişen siyasi iklim nedeniyle 1940 yılında Türkiye'den ayrılmıştır. 1953 yılında Birleşmiş Milletler göreviyle yeniden Türkiye'ye gelmiş Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi ve Fakültede kurulan Ortadoğu Amme İdaresi Enstitüsü'nde dersler vermiştir. 1955 yılında yeniden ülkesi kabul ettiği İsviçre'ye dönen Egli 1974 yılında Zürih'te yaşama veda etmiştir.