Nusayriliğin ortaya çıkışı İslam peygamberinin Mekke'den Medine'ye hicretinden üç yüzyıl sonrasına rastlar. Nusayriliğin kurucusu İbn Nusary'dır. Ancak İbn Nusayr'ın Nusayriliği ortaya koyuş şekli ve ilk olarak ortaya attığı görüşler konusunda farklı kaynaklar ve değişik görüşler ileri sürülmektedir.

Karmatilerin 903 yılında Süriye'yi ele geçirdiklerinde Suriye'de kalan Nusayrilerin bir kısmı Antakya ve dolaylarına göç ederler. 1071 yılından sonra Anadolu'da hakimiyet kurmayı başaran Antakya bölgesinin de ele geçirilmesinin ardından Nusayriler Selçukluların hakimiyetinde yaşamaya başlamışlardı. 1098 yılında Haçlı seferleri Frank egemenliği altında yaşamaya başladılar. Haçlı seferleri sırasında bölgeyi 1188 yılında kısa bir sürede olsa Selehaddin Eyyubi ele geçirir ancak ardından bölgedeki Haçlı egemenliği tekrar başlar. Haçlıların ardından ise bölge Mısır'ın hakimi olan Sultan Baybars'ın eline geçer bu döneme kadar dinleri konusunda bu bölgede oldukça rahat yaşamış olan Nusayriler üzerinde ilk defa yoğun ve sistematize bir dini asimilasyon politikası uygulanır.