Suç ve Ceza'nın en önemli teması özgürlüktür. Ahlak ve yasalarla belirlenmiş davranış biçimlerinin ötesindeki davranışlar kişiyi kendisini çevreleyen adsız insanlar sürüsünden ayırır ve sınırsız bir bağımsızlık, özgürlük sağlar. Bu sınırları aşabilmiş bir insan için artık ahlak ya da ahlaksızlık söz konusu değildir. Ceza boş, anlamsız bir sözcük halini alır.

İşte yaşlı tefeci, romanın kahramanı için bir para kaynağı olmaktan öte, bu özgürlük ortamına geçişinin ilk engelidir. Ancak Raskolnikov, bu ilk engeli aştıktan sonra umduğu iç huzurunu bulamaz. Bilinci sonsuz bir yargılamanın sınırları içine hapsedilir. Bu hesaplaşma, genç öğrenciyi sonunda başkasına el kaldıran kişinin aslında kendisine el kaldırdığı düşüncesine kadar götürür.

Sonuç çevresindeki herkesten uzaklaşması, herkese ve kendi kendine yabancılaşmasıdır. Bu yabancılaşma genç öğrencinin giderek sıradan, mutsuz, talihsiz insanlara yaklaşmasına neden olur. Bu talihsizlerden biri, kardeşlerini beslemek için vücudunu satan fahişe Sonya, ona insanlığa yeniden dönüşün yolunu gösterir. İnsanın Tanrı olmadığı, Tanrı'yı yadsımanın kendi kendini yadsımak olduğunu kavraması, ona yeniden özgürlüğün yolunu açar.