Harran Hz. Nuh'un torunlarından Kaynan tarafından kuruldu. Hz. Ömer döneminde fethedilen Harran el-Cezire valiliğine bağlandı. Son Emevi Halifesi II. Mervân döneminde devletin başkenti yapılan Harran'da ilim ve kültür faaliyetleri de yoğun bir şekilde devam etti. Daha sonra Abbâsîlerin hâkimiyetine geçen Harran bir müddet Tolunoğullarına bağlandı. Ardından sırasıyla Hamdânîler Nümeyrîler Selçuklular Musul Atabegliği Eyyûbiler ve Anadolu Selçukluları şehre hâkim oldu. 1260'da Hülagu'ya teslim olan Harran Moğolların Aynıcalut'ta Memlûklere yenilmesi üzerine bu devletin idaresine girmiş ve bazen de İlhanlılar tarafından yönetilmiştir.
XIII-XIV. yüzyıllarda etraftaki göçebeler tarafından işgal edilip köy haline getirilen Harran'ı 1400 senesinde Timur ele geçirdi. 1406'dan sonra Memlûkler Karakoyunlular ve Akkoyunlular arasında el değiştiren Harran; 1516 yılındaki Mercidabık zaferinden sonra Osmanlı idaresine bağlandı. 1691 yılından sonra bölgeyi göçebe Araplardan korumak için Türkmen kabilelerinden gruplar getirilip buraya yerleştirilmiştir.  
Bilim tarihinde önemli bir yeri olan Harran'da yetişen matematikçiler filozoflar tabipler astronomlar Abbâsîlerin ilk döneminde tercüme ve telif hareketinde önemli bir rol oynamışlardır. Bu âlimler arasında Sabit b. Kurre ile oğlu Sinan ve torunu İbrahim'i; ayrıca Bettânî'yi özellikle zikretmek gerekir. İslâm tarihinin ilk dönemlerinden itibaren dini ilimlerin önemli bir merkezi olan Harran'da Nadr b. Arabî Ebû Katâde Esed b. Furât Ebû 'Arûbe İbn Hamdân İbn Teymiyye gibi âlimler yetişmiştir. 
Harran'ın İslâm tarihi ile ilim tarihindeki yeri Harranlı âlimler Harran'ın coğrafi ve mimari özellikleri bağlamında sunulan bildirilerin gözden geçirilerek kitaplaşmasıyla Harran tarihine dair zengin bir kaynak eser ortaya çıkmıştır.