"Modern" kelimesinin "sanayi teknoloji ve sanatta yenilik" manası ön plana çıkarılmasından dolayı insanların zihninde modernleşme hakkında pozitif bir algı oluşsa da Modernizm sadece akla ve pozitif bilime dayalı bilgiyi geçerli kabul ettiğinden dini ve geleneği reddeden bir hareket olarak gelişmiştir. Modernizm'in dine yaklaşımının asırlarca bilimsel düşünce üzerinde baskı kuran Hristiyanlığa karşı gelişen bir tepki hareketi olma yönünü dikkate almayan Jön Türkler modernleşmek için batıda olduğu gibi dinden uzaklaşılmasını ve İslâmî esaslarda reform manasına gelen değişikliklere gidilmesini zorunlu görmüşlerdir. Bu çerçevede Ahmed Rıza; Pozitivizmi Abdullah Cevdet; Materyalizmi Ziya Gökalp ise; Türkçülük düşüncesini ön plana alarak dinî ıstılahlara Modernizm'in ilkeleri doğrultusunda yeni manalar yükleyip İslâmî esasların tahrif edilmesinin yolunu açmışlardır.

Jön Türklük Modern Türkiye Devleti'ni idare eden kadroları ve entelektüel kesimi etkileyerek Müslüman toplumunun İslâmî kabullerinin dönüştürülmesinde ve değiştirilmesinde ilham kaynağı olmuştur. Özellikle cumhuriyet döneminin ilk yıllarında Modernizm doğrultusunda seküler bir devlet ve toplum meydana getirme politikası takip edilerek Müslümanların inanç ve ibadetlerinde şüpheler oluşturulup İslâm'dan uzaklaşılması için ciddi baskı uygulanmıştır.