Azınlık okulları, Türk eğitim sistemine tabi olduklarından, eğitim sisteminde meydana her değişikliğin yansıması bu okullarda da vücut bulmuştur.
1930 yılından itibaren neredeyse her okulun kendi yönetmelik ve programlarının çıkartılmasına şahit olmaktayken 1937/11 sayı ile kabul edilen İstanbul Rum ilkokul, ortaokul ve liselerine ait müşterek talimatname (yönetmelik) ile birlikteliğin büyük ölçüde sağlandığı görülmektedir.
İlkokul süresini 4 yıl (1934/37, 54, 138, 238, 1935/9), 6 yıl (1933/146, 275, 279, 1934/58, 105, 111, 197, 1935/1, 1936/34, 35, 36, 58, 1975/343, 1987/111, 1999/262), 7 yıl (1933/231, 282, 1935/47, 49) hatta 6+2 yıl (1934/46, 6 yıl ilkokuldan sonra 2 yıl hazırlık sınıfına devam edenlere 8 yıllık diploma verileceği belirtilmiştir) şeklinde uygulayan okullar dahi mevcuttur.
Mütekabiliyet esasına bağlı olarak Rum ilkokullarının 6 sınıflı olarak uygulanması 2006/23 sayılı karara kadar devam etmiş, bu kararla birlikte önce 5 yıl, 2012 yılında 4+4+4 eğitim sistemine geçilmesiyle birlikte 2012/184 sayılı karar mucibince 4 yıl olmuştur.
Kurulun, 1964/214 sayılı kararıyla, kimlerin azınlık okulları dahil özel okullarda ilkokul öğretmenliği yapabileceklerini belirtilirken, 222 sayılı İlk Öğretim ve Eğitim Kanununda 15.maddesine atıfta bulunulmuş ancak Heybeliada Rum Rahipler Okulu Teoloji İhtisas Bölümü bir yüksek okul olmadığına hükmederek bu okul mezunlarının ilkokul öğretmenliği yapamayacağını, öğretmenliğe devam edenler varsa ilişiklerinin kesilmesi gerektiğini belirtmiştir.