Yıl 2049... Biyolojik savaşa yönelik viral olmayan ölümcül bir taşıyıcı madde kontrolden çıktığında bilim insanları, insan ırkının hayatta kalmasını sağlamak için mücadeleye girişir. Son çare olarak makineler tarafından üretilmek ve yetiştirilmek üzere, genetikleriyle oynanmış çocukları devasa robotların kozalarına yerleştirme planına başvururlar. Ancak insanın varoluşundan beri süregelen sistemi korumak için hâlâ bir umut vardır: Bu makineler için programlanmış ve her birini kendi içinde benzersiz kılan bir zekâ: Ana Şifre.

Amerika'nın güneybatısındaki çölde doğan Kai'nin tek arkadaşı robot annesi Rho-Z'dir. Bir insan annenin bilgi ve güdüleriyle donanmış olan Rho-Z, Kai'yi yetiştirir ve ona nasıl hayatta kalacağını öğretir. Ancak Kai ve onun gibi diğer çocuklar büyüdükçe, Anneleri de tasarlayanların öngöremedikleri şekillerde dönüşür. Yönetimden sağ kalmayı başaranlar Annelerin yok edilmesi gerektiğine karar verdiğinde, Kai bir seçim yapmak zorunda kalır. Rho-Z'yle paylaştığı bağı koparacak mı yoksa tanıdığı tek ebeveyni kurtarmak için savaşacak mıdır?

Bizzat yaşama ihtimalimiz olan bir gelecekte, Ana Şifre bizi gerçekten insan yapan şeyin ne olduğunu ve yarattığımız makinelerle aramızdaki sınırların, temeli çok da sağlam olmayan doğasını sorguluyor