Dairesinde tuhaf bir genç kız bıçaklanarak öldürülünce Londra'da tatilini geçirmekte olan genç Kanadalı Richard Hannay kendini casusluk ve cinayet içeren gizemli bir maceranın ortasında bulur. Kız ölümünden önce Hannay'a İngiltere'den kaçırılmakta olan çok gizli birkaç sırdan söz eder. Sinsi casusluk şebekesinin liderinin sağ elinin küçük parmağının kesik oluşundan tanınabileceğini anlatır sonra da 39 Basamak'la ilgili birşeyler söyler. 39 Basamağın sırrını çözmek casus çetesini ortaya çıkarmak ve kendini cinayet suçlamasından temizlemek için Hannay'ın ise sadece 48 saati vardır.