Dr. Eggman şimdiye kadar ki en uç planını uygulamaya kondu ve Sonic şimdiden ona yetişmek için yarışıyor! Dr. Eggman tüm şehirleri metal virüsüne boğarak Zombot yığınları yaratırken Sonic'in kendisi de enfeksiyonunu kontrol altında tutmak için mücadele ediyor! Ve Sonic'in arkadaşları kurban olmaya başladığında artık hiç kimsenin güvende olmadığı gayet açık!
Sonic, kriz içindeki şehri kurtarabilecek mi... yoksa sonunda dengiyle mi karşılaştı?