Kuarkların Büyücüsü" küçük bir kızın normal olarak görülemeyen ve tanımlanamayan atomaltı parçacıkların dünyasına yaptığı gerçeküstü yolculuğun kitabıdır. Dorothy Kansas'a giden bir yer altı treninde yolculuk yaparken kendisini aniden başka bir dünyada bulur. Hem de bütünüyle farklı bir dünyada...
Buradaki yolculuğunda kendisini bu yeni dünya hakkında bilgilendirecek yeni arkadaşlar edinir. Maddeyi oluşturan ve bir arada tutan dört cadı ile tanışır; Kütle Cadısı Elektrik Yükü Cadısı Renk Cadısı ve Zayıf Cadı. Maddenin en küçük ölçekte gerçekte ne olduğu hakkında bilgi sahibi olmak ve kendi dünyasına geri dönebilmek için durmaksızın soru sorar ve anlamaya çalışır.
Modern fizik biliminin en karmaşık ve en az bilinen alanı olan Kuarklar tanınmış fizikçi Robert Gilmore tarafından okuyucunun daha kolay anlayabilmesi için masalsı bir dille kaleme alınmış konunun izin verdiği kadar açık bir şekilde anlatılmaya çalışılmıştır.