En çok istedikleri şeye sahip olabilmek için amatörce yöntemleriyle bu gücü elde etmeye çalıştıklarında iki kardeş olan Edward ve Alphonse Elric'ten biri kolunu ve bir bacağını kaybetmiş diğeri de yaşayan bir çelik parçasının içine tıkılıp kalmış bir ruha dönüşüvermiştir. Edward artık bir hükûmet ajanıdır ve askerî bir simya tesisinde çalışmaktadır. Benzersiz güçlerini emirlere uymak hatta öldürmek için kullanır. Ancak Edward başkalarının da aynı güçlere sahip olduğunun farkında değildir.

Simyanın aşırı kullanımı sonucunda dünya âdeta bir cehenneme döner. En değerli simya hazinesi Felsefe Taşı'nı ele geçirmeye çabalayan düşmanları kahramanlarımızdan çok daha zalim ve acımasızdırlar.

Korumaları Alex Louis Armstrong eşliğinde kahramanlarımız hasar gören vücutlarını tamir etmesi için çocukluk arkadaşları Winry Rockbell'i ziyaret ederler. Ardından Felsefe Taşı arayışlarını sürdürürler. Bu arayış onları Taş'ın gizli formülünün saklı olabileceği büyük merkez kütüphanesine götürür. Ama Felsefe Taşı'nın gizemi onu korumakla görevli olan muhafızlardan daha dehşetengiz olabilir....